O Programa de Fiscalização em Entes Federativos faz parte do aprimoramento dos instrumentos e processos de trabalho da Controladoria-Geral da União (CGU). Desde agosto de 2015, um novo método de controle está sendo aplicado na avaliação dos recursos públicos federais repassados a estados, municípios e Distrito Federal. A iniciativa incorporou o antigo Programa de Fiscalização por Sorteios Públicos, sendo que, agora, o programa possui três formas de seleção de entes: Censo, Matriz de Vulnerabilidade e Sorteios. Nesse contexto, já foram fiscalizados cerca de 2,5 mil municípios brasileiros desde 2003, englobando recursos públicos federais superiores ao montante de R$ 30 bilhões. Quando é utilizado o Censo, a fiscalização verifica a regularidade da aplicação dos recursos em todos os entes da amostragem. Já a Matriz agrega inteligência da informação, por meio da análise de indicadores, para identificar vulnerabilidades (situações locais críticas) e selecionar de forma analítica os entes a serem fiscalizados em determinada região. A metodologia de Sorteios permanece aleatória, ao incorporar as ações do antigo Programa de Fiscalização por Sorteios Públicos.